เหตุการณ์เกิดขึ้นในปี คอสมิคอีร่าที่ 70 จากเหตุการณ์วาเลนไทน์สีเลือดที่กองกำลังโลกได้โจมตีชาวอวกาศจนผู้คนลมตายเป็นจำนวนมาก และชาวอวกาศที่เรียกตนเองว่า ซาฟ ได้ปล่อยนิวตรอนแจมเมอร์ลงมายังโลก ส่งผลให้พลังงานนิวเคลียไม่สำมารถใช้ได้ ทำให้โลกเกิดภาวะขาดแคลนพลังงานอย่างหนัก จนเป็นชวนเหตุให้เกิดสงครามที่ต่อเนื่องยาวนานหลังจากนั้น เกิดเป็นความขัดแย้งกันระหว่าง มนุษย์ธรรมดาบนโลกที่เรียกกันว่า เนเชอร์รัล และ โคออดิเนเตอร์ ที่เป็นมนุษย์สายพันธ์ใหม่บนอวกาศที่มีความสามารถพิเศษผ่านการตัดต่อพันธุกรรม 

เรื่องราวเริ่มต้นที่ เฮลิโอโปลิส โคโลนี่แห่งหนึ่งบนอวกาศของประเทศ ออป ที่ตั้งตนเป็นกลางไม่ยุ่งเกี่ยวกับสงคราม แต่กองกำลังโลกกลับแอบสร้างโปรเจคลับไว้ที่โคโลนี่แห่งนี้ นั่นคือการคิดค้นหุ่นรบโมบิลสูท ที่มีประสิทธิภาพสูง 5 เครื่องชื่อว่า กันดั้ม เรื่องราวรู้ถึงหูของกองกำลัง ซาฟ ทำให้ฝ่าย ซาฟ ยกกำลังเพื่อมาชิงหุ่นรบทั้ง 5 ไปเป็นของตนเอง ทำทีมโดย นายพล ราอูล ครูเซ่ การต่อสู้ระหว่างโลกและซาฟจึงเกิดขึ้นในโคโลนี่แห่งนี้ ฝ่ายซาฟสามารถชิงหุ่นของโลกไปได้ก่อน 3 ตัว และในขณะที่กำลังต่อสู้แย่งชิงหุ่นที่เหลืออยู่นั้น เด็กหนุ่มที่ชื่อ คิระ ยามาโตะ ที่กำลังหนีตายอยู่ ก็ได้บังเอิญไปขึ้นขับหุ่น 1 ใน 2 ตัวที่ชื่อ สไตรกันดั้ม และทำการเขียนโปรแกรมระบบควบคุมหุ่มตัวนั้นใหม่ ทำให้มีประสิทธิภาพสูงขึ้น จนสามารถขับไล่กองกำลังซาฟไปได้ ส่วนหุ่นตัวสุดท้ายก็ถูก อัสรัน ซาร่า ทหารฝ่ายซาฟที่เป็นอดีตเพื่อนรักของ คิระ ชิงหุ่นไปจนได้ การต่อสู้ของทั้ง2ฝ่ายรุนแรงมากจนทำให้ โคโลนี่เฮลิโอโปลิส พังพินาศย่อยับ

ซึ่งการที่ คิระ สามารถเขียนโปรแกรมใหม่ให้กับกันดั้มได้ นั่นก็เพราะว่าเขาเป็นมนุษย์สายพันธ์ใหม่นั่นก็คือ โคออดิเนเตอร์ นั่นเอง และจากการเขียนโปรแกรมใหม่ให้กับกันดั้ม ทำให้นักบินของโลกไม่สามารถขับหุ่นตัวนั้นได้อีกต่อไป คิระและกลุ่มเพื่อนของเขาจึงโดนควบคุมตัวไว้โดยกองกำลังโลก และต้องไปประจำการอยู่บนเรือรบ อาร์คแองเจิล ที่ตอนนี้มีกัปตันคือ ร้อยเอกหญิง เมอริว ราเมียส ที่ต้องการจะพา กันดั้ม และ ยานอาร์คแองเจิล กลับไปส่งคืนให้กับกองกำลังโลก ซึ่งฝ่ายซาฟก็ไม่ยอมปล่อยไปง่ายๆ พวกเขาได้ส่ง กันดั้ม 4 ตัว ที่ชิงไปจากฝ่ายสหพันธ์ประกอบด้วย อีจีสกันดั้ม ดูเอลกันดั้ม บัสเตอร์กันดั้ม บลิทซ์กันดั้ม ให้กลับมาไล่ล่าเพื่อหวังทำลาย ยานอาร์คแองเจิล ให้สิ้นซาก แต่ก็ถูกปกป้องไว้ได้ด้วย คิระ ที่ขึ้นขับ สไตรกันดั้ม และ ร้อยเอก มุราฟาก้า ที่ขับยานรบคอยต่อสู้สนับสนุนอีกแรง

ในระหว่างทาง ยานอาร์คแองเจิล ได้ช่วยกระสวยอวกาศผู้อพยพจากโคโลนี่ และในนั้นก็มี เฟร อัลสตาร์ ลูกสาวรัฐมนตรีภาคพื้นแอตแลนติกโลก ขึ้นยานมาด้วย และหลังจากนั้นก็ได้ช่วย ลักซ์ ไคลน์ ลูกสาวประธานสภาฝ่ายซาฟขึ้นยานมาอีกคน และเมื่อคนสำคัญของซาฟตกไปอยู่กับฝ่ายศัตรู ซาฟจึงได้นำกองกำลังมาชิงตัว ลักซ์ คืน นำทีมโดย อัสรัน ซาร่า คู่มั่นของ ลักซ์ ที่ขับ กันดั้ม เอจีส เข้าปะทะกับ สไตร กันดั้ม ของ คิระ การต่อสู้รุนแรงมากจนทำให้พ่อของ เฟร ที่นำกองยานมาช่วยเหลือต้องตายในศึกครั้งนี้ ทำให้สร้างความเกลียดชังในใจ เฟร มากยิ่งขึ้น ส่วน คิระ รู้สึกผิดกับเหตุการณ์ครั้งนี้มาก จึงตัดสินใจเรียก อัสรัน ให้มาพบกันตัวต่อตัว เพื่อส่งตัว ลักซ์ กลับคืนให้กับฝ่ายซาฟ หลังจากนั้นฝ่ายซาฟก็ยังคงไล่ล่า อาร์คแองเจิล อย่างหนักจนถึงชั้นบรรยากาศโลก แต่สุดท้ายยานอาร์คแองเจิลก็สามารถลงสู่พื้นโลกได้สำเร็จ

หลังจากที่ยานอาร์คแองเจิลลงมายังโลก ก็ยังไม่พ้นเคราะกรรม เพราะดันลงจอดยานในพื้นที่ของ พยัคทะเลทราย บาคู กองกำลังของฝ่ายซาฟ แต่ก็ถูกช่วยเหลือไว้ด้วยกลุ่มรุ่งอรุนทะเลทราย ยานอาร์แองเจิลพยายามหนีออกจากเขตของซาฟ และได้รับตัว คางาริ ยูระ อัสฮา ขึ้นยานมาอีกคน การต่อสู้เริ่มรุนแรงขึ้น คางาริ ช่วยขึ้นขับยานรบและโดนยิงตกทะเล เธอได้หนีขึ้นไปบนเกาะ และฝ่ายซาฟเองก็ส่ง อัสรัน ออกไปจัดการ ทั้ง2ได้เจอกันบนเกาะ หลังจากต่อสู้และถกเถียงกันถึงเหตุผลของฝ่ายตนเองและความโหดร้ายของสงคราม จึงทำให้ อัสรัน เริ่มเปลี่ยนมุมมองความคิด คางาริ ถูกคิระช่วยไว้และได้กลับขึ้นยานอาร์คแองเจิลอีกครั้ง และฝาออกจากเขตของซาฟ เข้าสู่เขตปกครองของประเทศออปได้สำเร็จด้วยสภาพสะบักสะบอม

ออป ที่เป็นประเทศเป็นกลางได้ช่วยซ่อมแซม ยานอาร์คแองเจิลที่เสียหายหนัก และทำให้ทราบว่า คางาริ ก็คือบุตรสาวของ อุสุมิ นาระ อัสฮา ผู้นำของออป หลังจากซ่อมยานเสร็จ อาร์คแองเจิลได้ออกเดินทางอีกครั้ง เพื่อมุ่งหน้าไปยัง อลาสก้า ฐานทัพใหญ่ของโลก แต่กันดั้ม 4 ตัว ของฝ่ายซาฟก็ยังคงตามมาไล่ล่าอย่างหนัก คิระ ขับ สไตร์ฟรีดอม ออกปกป้องยาน โดยมี มุราฟราก้า และ ทอล เพื่อนของ คิระ ที่ขับ สกายแกรสเปอร์ คอยช่วยสนับสนุนอีกแรง สไตร์ ที่ติดตั้งอุปกรณ์เสริมทรงประสิทธิภาพ สามารถจัดการ กันดัมบลิส ของศัตรูได้ และนักบินที่ขับบลิสก็โดน คิระ โจมตีอย่างหนักจนตาย และ อัสรัน ที่ขับ เอจีส ก็ โจมตีใส่ ทอล เพื่อนของคิระจนตายเช่นกัน นั่นทำให้ คิระ และ อัสรัน อดีตเพื่อนรัก ต่อสู้กันอย่างหนักหน่วง อัสรัน ได้สละเครื่อง เอจีส ให้ล๊อคตัว สไตร ไว้แล้วระเบิดตัวไปพร้อมกันอย่างรุนแรง จนคิระตาย เหตุการณ์นี้ทำให้ อัสรัน เสียใจมากที่เป็นคนฆ่าเพื่อนรักของตน

ยานอาร์คแองเจิลได้เดินทางมาถึงฐานบัญชาการใหญ่ของโลกที่ อลาสก้า ได้สำเร็จ และจากการรบล่าสุดที่โลกสูญเสีย สไตรกันดั้ม และ คิระไป ทำให้ฝ่ายซาฟเปลี่ยนแผนใหม่โดยยกกำลังพลชุดใหญ่เพื่อหวังบดขยี้ อลาสก้า ให้สิ้นซาก แต่ฝ่ายโลกก็คิดซ้อนแผนโดยการแอบย้ายกำลังพลออกจากฐานทัพใหญ่จนหมด และให้ยานอาร์คแองเจิลเป็นตัวล่อศัตรู เพื่อหมายจะระเบิดฐานทัพทิ้งไปพร้อมกับกำลังพลจำนวนมากที่ซาฟกำลังจะยกมา ในอีกด้านหนึ่ง คิระ ที่รอดตายจากการช่วยเหลือของ ลักซ์ ได้ทราบข่าวนี้และคาดว่าจะต้องมีผู้คนล้มตายเป็นจำนวนมากแน่ๆ จึงได้แสดงความตั้งใจในการที่จะหยุดสงครามให้ ลักซ์ ได้เห็น ลักซ์เองที่ศรัทธาในสันติภาพเช่นกัน จึงได้แอบพา คิระ เข้าไปขโมยหุ่มรบรุ่นใหม่ที่ซาฟแอบพัฒนาไว้เป็นความลับ นั่นคือ ฟรีดอมกันดั้ม ซึ่งเป็นหุ่นรบที่สามารถบินได้อย่างอิสระ และ ติดตั้งระบบ เอน แจมเอมร์ แคนเซิลเลอร์ ที่ทำให้สามารถใช้พลังงานนิวเคลียได้ ทำให้มีพละกำลังมากว่า สไตร ถึง 4 เท่า นั่นทำให้คิระสามารถกลับมาช่วยยานอาร์คแองเจิลหนีออกจากการระเบิดฐาน อลาสก้า ได้สำเร็จ

ทางด้าน ลักซ์ ที่ไปช่วยฝ่ายศัตรู จึงถือว่ามีความผิดที่ร้ายแรง ฝ่ายซาฟจึงได้สั่งให้ อัสรัน ไปกำจัดตระกูล ลักซ์ ทั้งหมดพร้อมทั้งให้ขับหุ่นรบรุ่นใหม่ จัสติก กันดั้ม เพื่อไปทำลาย หุ่นฟรีดอม ที่ถูกขโมยไปด้วย นั่นทำให้เกิดความขัดแย้งในใจของ อัสรัน เป็นอย่างมาก จึงทำให้เขาตัดสินใจเปลี่ยนฝ่ายมาช่วยเหลือ คิระ แทน ทางด้าน ยานอาร์คแองเจิลที่หนีออกจากภาระกิจที่ อลาสก้า ก็ถือว่ามีความผิดร้ายแรงเช่นกัน พันตรี เมอริว เลยติดสินใจย้ายฝั่งไปเข้าเข้าร่วมกับ ออป ประเทศที่เป็นกลาง และในขณะนั้นเอง กลุ่มผู้นำสูงสุดของโลกภายใต้ชื่อ บลูคอสมอส ก็ได้ออกมาตรการกดดันให้ ออป ต้องเข้าร่วมสงครามเพื่อช่วยโลกต่อสู้กับซาฟ แต่ อุซุมิ ผู้นำของ ออป ที่ยังคงยึดมั่นในอุดมการเพื่อรักษาสันติภาพจึงไม่ยอมเข้าร่วมสงคราม กองกำลังโลกจึงได้ยกพลมาบุกถล่ม ออป หวังที่จะทำลายให้สิ้นซาก อุสุมิ จึงตัดสินใจ ส่งกองกำลังทั้งหมดของ ออป และยาน อาร์คแองเจิล หลบหนีขึ้นไปยังอวกาศ ก่อนที่ออปจะโดนถล่ม จึงได้เกิดเป็นกองกำลังอิสระที่มีจุดประสงค์ที่จะต่อสู้เพื่อสันติภาพ นำโดย ยานอาร์คแองเจิล ฟรีดอมกันดั้มที่ขับโดยคิระ  จัสติกกันดั้มขับโดยอัสรัน สไตร์กันดั้มขับโดยมุราฟาก้า และหุ่นรบรุ่น เอ็มวัน อีกจำนวนหนึ่งจากฝ่ายออป และ คางาริ กับ ลักซ์ ก็มาร่วมขึ้นยานอีกครั้ง

เฟร ที่ถูก นายพล ครูเซ่ ของฝ่ายซาฟจับตัวมาเมื่อตอนบุกถล่ม ออป ได้รับแผ่นดิสข้อมูล แบบแปลนของหุ่นรบ ฟรีด้อมและจัสติส ที่ทำให้สามารถใช้พลังงานนิวเคลียได้ และนำส่งให้กับผู้นำกองกำลังโลก นั่นทำให้ศึกใหญ่ล้างบ้างของทั้ง 2 ฝ่ายเริ่มต้นขึ้น โดยฝ่ายโลกได้ส่งขีปณาวุธนิวเคลียจำนวนมากออกไป เพื่อหวังทำลายซาฟให้สิ้นซาก ซึ่งยานอาร์คแองเจิลก็ขัดขวางไว้อย่างสุดกำลัง และฝ่ายซาฟเองก็ได้ยิงปืนใหญ่เจเนซิสที่เป็นการใช้พลังงานนิวเคลียบีบอัดเป็นลำแสงแกรมม่าที่มีพลังทำลายมหาศาลเพื่อหวังปิดบัญชีเช่นกัน ปีนใหญ่เจเนซิสได้ถูกยิงออกไป 2 ครั้ง ทำให้กองทัพโลกบนอวกาศเสียหายย่อยยับ และการยิงครั้งที่ 3 เพื่อปิดบัญชีได้เล็งเป้าไปที่โลก นั่นจะทำให้มนุษย์โลกที่อยู่บริเวณนั้นหายไปทั้งหมด พวกคิระพายามหยุดการยิงปืนใหญ่เจเนซิสอย่างสุดกำลัง ส่วนมุราฟาก้าพยายามปกป้องยานอาร์คแองเจิลไว้จนตัวตาย ฝ่ายซาฟเองก็พายามปกป้องเจเซซีสอย่างเต็มที่ถึงขนาดส่ง นายพลครูเซออกมาขับหุ่นรบ โพวิเดน ออกมาต่อสู้ด้วยตนเอง แต่ในวินาทีที่ลำแสงนิวเคลียกำลังจะยิงออกไป คิระที่ขับฟรีดอมสามารถไล่ต้อนครูเซ่ไปใกล้กับปืนใหญ่เจเนซิส และโจมตีทำลายหุ่นโพวิเดนจนระเบิดไปพร้อมกับปืนใหญ่เจเนซิสได้สำเร็จ ทำให้ฝ่ายซาฟยอมทำสัญญายุติสงคราม นำพาสันติภาพกลับคืนมาได้อีกครั้ง