เรื่องราวเกิดขึ้นในปี คศ. 2015 หลักจากที่โลกต้องพบกับเหตุการณ์ Second Impact ซึ่งเป็นการระเบิดครั้งใหญ่ที่มีจุดศูนย์กลางอยู่ที่ขั้วโลกใต้ ส่งผลกระทบที่ใหญ่หลวงทำให้น้ำแข็งขั้วโลกละลาย ระดับน้ำทำเลสูงขึ้นมาก จนน้ำท่วมเมืองสำคัญของโลกไปหลายส่วน นอกจากนั้นในขณะนี้ยังมีสิ่งมีชีวิตลึกลับขนาดใหญ่ที่เรียกว่า ยมทูต ปรากฎตัวขึ้นเพื่อมาทำลายล้างโลกอีกด้วย

และตัวเอกของเรื่องนี้ก็คือ อิคาริ ชินจิ เด็กหนุ่มอายุ 14 ปี ผู้มีนิสัยเก็บกด เข้ากับคนยาก อ่อนแอ และไม่เป็นที่ยอมรับจากสังคม และในขณะที่ เทวทูต ตัวที่ 4 กำลังบุกทำลายเมืองอยู่นั้น ชินจิ ได้ถูกเรียกตัวมาที่ องค์กร Nerv (เนิฟ) ที่เป็นหน่วยงานที่ทำหน้าที่ต่อสู้กับเหล่า เทวทูตโดยเฉพาะ และ ผู้บังคับบัญชาสูงสุด ของเนิฟ นั่นก็คือ อิคาริ เกนโด พ่อแท้ๆของ ชินจิ นั่นเอง ซึ่งอาวุธที่เนิฟสร้างมาเพื่อใช้ต่อกรกับเหล่าเทวทูตนั่นก็คือ อีวาเกเลี่ยน หุ่นรบจักรกลชีวภาพขนาดใหญ่ ที่บังคับโดยการใช้ของเหลว LCL เชื่อมต่อกับจิดใจของนักบินในห้องบังคับโดยตรง แต่ก็มีน้อยคนนักที่จะสามารถทำการ ซิงโครไนซ์ จิตใจให้เข้ากับระบบการทำงานของอีวาเกเลี่ยนได้ และชินจิคือผู้ที่สามารถ ซิงโครไนซ์กับ หุ่นรบอีวา 01 โดยมีค่าซิงโครครั้งแรกสูงถึง 41.3% เลยทีเดียว

ซึ่งเด็กที่ขาดความมั่นใจอย่าง ชินจิ นั้นเป็นธรรมดาที่จะกลัวการขึ้นขับหุ่นเพื่อที่จะไปต่อสู้กับ เทวทูตที่แสนน่ากลัว แต่ด้วยสถานะการบังคับ เขาจึงต้องยอมขึ้นบังคับ อีวาแกเลี่ยน01 อย่างจำใจ แต่ผลกลับออกมาดีเกินคาด เขาสามารถจัดการ เทวทูตตัวที่ 4 ลงได้อย่างง่ายดาย ทำให้ ชินจิ เริ่มเป็นที่ยอมรับของผู้คน และทำให้เขาเปิดใจให้กับผู้คนมากขึ้น

จากที่เคยเก็บตัวไม่เข้าสังคม ชินจิก็เริ่มมีผู้คนเข้ามาผูกพันในชีวิตมากขึ้นเช่น ผู้หมวด คัทซิรางิ มิซาโตะ ที่รับชินจิไปดูแลและอยู่ด้วยกันที่อาพาทเมนของตัวเอง และเด็กสาววัยเดียวกันที่ชินจิให้ความสนใจเป็นพิเศษนั่นคือ อายานามิเร ผู้ที่เป็นนักบินให้กับหุ่นรุ่นทดสอบอีวา00 ซึ่งเธอมีบุคลิกที่เย็นชากับทุกสิ่งแต่กลับร่าเริงสดใสในเวลาที่อยู่กับพ่อของชินจิ ซึ่งจุดนี่เองเป็นสิ่งชินจิโหยหามาตลอดนั่นก็คือ การเอาใจใส่ดูแล และได้รับการยอมรับจากพ่อของเขา แต่เกนโดกลับไม่เคยแสดงความรักในแบบพ่อที่ควรจะเป็นเลยซักครั้ง

เหล่าเทวทูตยังคงปรากฎตัวขึ้นโจมตีโลกอย่างต่อเนื่อง และเปลี่ยนรูปแบบให้รับมือยากขึ้นเรื่อยๆ ซึ่งวัตถุประสงค์ที่แท้จริงๆของเหล่าเทวทูตนั่นก็คือการตามหาร่างของ ลิลิท เทวทูตตัวที่ 2 ที่ถูกเก็บซ่อนไว้ในฐานบัญชาการเนิฟ และถ้าหากว่าเหล่าเทวทูตสัมผัสร่างของ ลิลิท ก็จะทำให้เกิดระเบิดครั้งใหญ่ ที่รุนแรงจนถึงขั้นทำลายล้างโลกได้เลยทีเดียว และการต่อสู้กับเหล่าเทวทูตที่หนักหน่วงขึ้น หุ่นรบอีวา02จากเยอรมัน ก็ได้ถูกส่งมาช่วยรบที่ญี่ปุ่น และนักบินประจำเครื่อง02นี้ก็คือ โซริว อาซึกะ เด็กสาวผู้มีความมั่นใจในตัวเองสูงและมีมีมือการบังคับหุ่นอีวา02 ที่ยอดเยี่ยมมาก และเธอก็ได้ไปอาศัยในอาพาทเม้นของผู้หมวด มิซาโตะ กลายเป็นรูมเมทอีกคนของชินจิ ทำให้ชินจิมีเพื่อนที่ใกล้ชิดเพิ่มขึ้นมาอีกคน แต่ดูเหมือนจะเป็นไม้เบื่อไม้เมากันมากกว่า

และเหตการณ์ที่ดำเนินไปพร้อมๆกันนั่น คือฝั่งของ มิซาโตะ สาวสวยคนเก่งที่เป็นผู้ควบคุมแผนการรบของเนิฟ และเพื่อนรักของเธอ ด๊อกเตอร์ อาคางิ ริตสึโกะ ผู้ดูแลระบบสมองกลอัจฉริยะ เมไจ ที่ใช้สั่งการคอมพิวเตอร์ส่วนกลางของเนิฟทั้งหมด และ เรียวจิ คาจิ อดีตคนรักเก่าของ มิซาโตะ ที่ทำงานให้กับรัฐบาลญี่ปุ่นและ U.N. และเขายังเป็นสายข่าวให้กับองกร SEELE อีกด้วย ซึ่งจุดยืนของ เซเล่ นั้นคือกลุ่มผู้มีอิทธิพลจากทั่วโลกที่คอยสั่งการเนิฟให้กำจัดเหล่าเทวทูตให้ครบ 17ตัว แต่แผนการลับที่ซ่อนไว้หลังจากนั้น นั่นคือการวิวัฒนาการมนุษย์ให้ถึงขีดสุดโดยการสละกายเนื้อและรวมจิตวิญาณของมนุษย์ทุกคนบนโลกเป็นหนึ่งเดียว โดยมีวิธีการคือ ใช้อดัมเทวทูตตนแรก กับหอกลองกินูส และลิลิทเทวทูตตนที่2 มาทำพิธีกรรมร่วมกัน ก็จะเกิดเป็น Third Impact และวิวัฒนาการมนุษย์ได้ตามที่หวัง ซึ่งการทดลองกับอดัมที่ขั้วโลกใต้ในอดีตเป็นสาเหตุให้เกิดระเบิด Second Impact ขึ้นนั่นเองแต่สุดท้ายก็สามารถสร้างหุ่นอีวาจากชิ้นส่วนร่างของอดัมได้สำเร็จ แต่อีวา01จะพิเศษกว่าตัวอื่นเพราะสร้างจากชิ้นส่วนของลิลิทที่ถูกผนึกไว้ที่ญี่ปุ่นเพียงตัวเดียว

ชินจิ ที่ผ่านการสู้รบร่วมกับหุ่นอีวา01 มาหลายต่อหลายครั้ง ทำให้ฝีมือการต่อสู้ของเขาพัฒนาขึ้นเรื่อยๆ แต่กลับสวนทางกับสภาพจิตใจที่ดูจะย่ำแย่ลงทุกที ถึงแม้ผู้คนจะยอมรับฝีมือเขา แต่เขากลับคิดว่านั่นก็เพราะเขาเป็นนักบินของอีวา01เท่านั้น แต่ถ้ามองที่ตัวตนจริงๆของเขาแล้ว กลับไม่มีใครเห็นความสำคัญเขาเลย คุณพ่อที่ทำเหมือนเขาไร้ตัวตน ผู้หมวดมิซาโตะที่ให้ความสำคัญกับภาระกิจเป็นหลักโดยไม่สนใจความรู้สึกของเขา การทดลองซิงโครไนซ์ที่ผิดพลาดของนักบินอีวาคนที่4 ที่เป็นเพื่อสนิทของชินจิจนทำให้เพื่อนเกือบตายไปต่อหน้าต่อตา อายานามิเรสาวที่เขาแอบชอบ แต่เธอก็ช่างแสนเย็นชาซะเหลือเกิน และถึงจะมีความสนิทสนมกับอาซึกะมากขึ้นแต่เอาเข้าจริงเธอก็ไม่ได้ชอบชินจิ และสุดท้ายก็โดนเธอเกลียดเข้าจนได้เพราะในช่วงหลังที่ ชินจิ มีฝีมือในการบังคับอีวาที่สูงล้ำแซงหน้าเธอไป ทำให้ทั้ง2ทะเลากันอย่างรุนแรง นั่นทำให้ความรู้สึกสับสนในบทบาทและหน้าที่ของตัวชินจิ เริ่มก่อตัวขึ้นเรื่อยๆ

และแล้วคนที่มาช่วยทำให้สภาพจิตใจของชินจิดีขึ้นได้ ก็ปรากฎตัวขึ้น นักบินอีวาคนที่ 5 นางิสะ คาโอรุ เด็กหนุ่มที่พูดคุยกับชินจิได้อย่างถูกคอ มีความเข้าอกเข้าใจ และให้คำแนะนำที่ทำให้ชินจิรู้สึกสบายใจขึ้นมาก แต่ความจริงช่างโหดร้าย เพราะที่จริงแล้ว คาโอรุ คือเทวทูตตัวสุดท้าย ที่แฝงตัวมาในร่างมนุษย์เพื่อพยายามเข้าถึงตัว ลิลิท นั่นเอง ทำให้ชินจิต้องฝืนใจขึ้นขับอีวา01 และต้องจำใจฆ่าเพื่อนหนึ่งเดียวคนนี้ ที่อุส่าเข้าใจความรู้สึกของเขา ให้ตายคามือตัวเอง และในฉบับ TV Series ช่วงท้ายจะเป็นการเปิดเผยถึงความรู้สึกนึกคิดของ มิซาโตะที่ลึกๆก็เกลียดตัวเองที่เบื้องหน้าช่างแสนดูดีแต่เบื้องหลังก็แอบทำเรื่องแย่ๆหลายอย่างที่ตัวเองก็มิอาจให้อภัยได้ ส่วน อาซึกะ ที่สูญเสียครอบครัวไปตั้งแต่เด็กและพยายามแสดงออกว่าเข็มแข็งตลอดมาแต่ภายในจิตใจกลับเปราะบางอย่างมาก และ สุดท้าย ชินจิเด็กหนุ่มผู้ปิดกั้นตัวเอง พยายามที่จะแคร์ความรู้สึกคนรอบข้างเพื่อไม่ให้ตัวเองโดนตำหนิ จนต้องฝืนใจทำสิ่งที่ขัดกับความรู้สึกตัวเองเรื่อยมา และก็ผิดหวังกับผลที่ได้รับจากสังคมคนรอบข้างซ้ำแล้วซ้ำเล่า ซึ่งเมื่อดูฉบับ TV Series ครบ 26 ตอนก็จะเล่าจบถึงแค่ตรงนี้ เป็นจุดที่ชินจิ จิตตกถึงขีดสุด

และเรื่องราวบทสรุปสุดท้ายจะถูกเล่าต่อใน OVA The End of Evangelion หลังจากเทวทูตทั้ง 17 ตัวถูกกำจัดไปแล้ว แผนการสร้างโลกใหม่ขององกรเซเล่ก็ได้เริ่มต้นขึ้น หุ่นรบอีวาซีรี่ที่สร้างขึ้นใหม่แบบไร้คนขับทั้ง9ตัวได้ถูกส่งมาเพื่อทำลายเนิฟให้สิ้นซาก เพื่อจะนำ อดัม และ ลิลิท มาประกอบพิธีกรรมขั้นสุดท้าย และความจริงก็ได้ถูกเปิดเผยว่า อายานามิเร คือมนุษย์โคลนนิ่ง ที่เกิดจากการแบ่งวิญญาณของ ลิลิท และนำมาใส่เข้าไปในร่างโคลนจากDNAของ ยูอิ แม่ของชินจิและกลายมาเป็นเรในที่สุด ซึ่งแม่ของชินจิก็คือนักบินทดสอบของอีวา01คนแรกที่ล้มเหลว จนร่างกายถูกเปลี่ยนสภาพเป็นของเหลว LCL ส่วนจิตของเธอก็ติดอยู่ในร่างของหุ่นอีวา01 เรื่อยมา นั่นทำให้ เกนโด ยอมร่วมมือกับองกรเซเล่ เพื่อหาทางนำจิตของตนไปรวมกับจิตของภรรยา ที่จะทำให้เขารู้สึกเหมือนได้กลับมาเจอคนที่รักอีกครั้ง

ในขณะที่เนิฟกำลังโดนถล่มอย่างหนัก อีวา02ที่ขับโดยอาซึกะพยายามต่อสู้กับ กองทัพอีวาซีรี่ทั้ง9ตัวอย่างสุดกำลัง เพื่อป้องกันฐานทัพเนิฟ แต่ก็รับมือไม่ไหว สุดท้ายชินจิในสภาพหมดอาลัยตายอยากก็ยอมขึ้นขับอีวา01อีกครั้ง แต่กลับเข้าทางแผนของเซเล่ อีวา01ที่สร้างมาจากลิลิท ถูกกองทัพอีวาซีรี่จับตรึงเพื่อเตรียมทำพิธีกรรม ซึ่งอีวาเหล่านี้เปรียบสเหมือนตัวแทนของอดัมที่มาพร้อมกับหอกลองกินูส นั่นเท่ากับว่าองค์ประกอบครบสมบูรณ์แล้ว ส่วนอายานามิเรได้รวมร่างกับลิลิทและเข้าร่วมพิธีกรรมชำระล้างโลก โดยมีจุดศูนย์กลางคือ ชินจิ ที่ตอนนี้มีฐานะเปรียบเสมือนพระเจ้า บัดนี้อนาคตของโลกขึ้นอยู่กับการตัดสินใจของเด็กหนุ่มผู้นี้แล้ว และจากสิ่งที่ผ่านมาทำให้เขารู้สึกว่าไม่มีใครรักเขาจริงเลยซักคน ถ้างั้นก็จงหายไปให้มดซะเถอะ ผู้คนทั้งโลกเริ่มถูกเปลี่ยนเป็นของเหลว LCL และวิญญาณได้ถูกแยกออกมา และหลอมรวมจิตทุกคนบนโลกเข้าด้วยกันเป็นหนึ่งเดียวตามเจตนารมของเซเล่ ความรัก โลภ โกรธ หลง จากความนึกคิดของทุกๆคนได้ไหลร่วมเข้ามาสู่จิตของ ชินจิ ทำให้เขาคิดได้ว่าบทสรุปแบบนี้ก็ไม่ใช่สิ่งที่เขาต้องการ ถึงแม้โลกจะโหดร้ายเพียงใด แต่เราก็ยังคงหาความสุขกับมันได้ นั่นทำให้สุดท้าย ชินจิ และ อาซึกะ รอดพ้นจากการล้างบ้างโลกนี้ และกลายเป็นมนุษย์ผู้เหลือรอดที่จะสร้างโลกใบใหม่สืบต่อไป